发生细小病毒病后，应对病犬、健康犬和可疑犬及时进行隔离，同时对环境和器具进行彻底消毒。
常用的消毒方法有火焰消毒法、物理消毒法和化学消毒法。火焰消毒法常用喷灯进行干热消毒，主要用于墙壁、铁制笼舍和器具、地面等。物理消毒法常用的是紫外线照射、太阳光暴晒和蒸煮消毒。化学消毒常用的是福尔马林、过氧乙酸、火碱（氢氧化钠）、生石灰等。对于患病犬舍及使用的器具，应每天进行消毒，直到犬痊愈。健康犬舍及可疑犬舍，应3天或7天消毒一次。所用器具应每天消毒。这样可以消灭传染源和切断传播途径。消毒时应注意以下几点：第一，一定要在清扫刷干净后，再使用消毒药进行消毒，这样效果会更好；第二，消毒药一定要按说明进行配制使用，否则浓度过高、过低都达不到消毒目的，而且还容易对人畜造成危害。
