要坚持以防为主，人畜共防的原则。
1、猪囊虫病流行区，做到猪有圈、人有厕，改造“连茅厕”。不让猪吃到人粪，切断传染途径。
2、认真执行屠宰检疫，严格处理检出的病猪肉。凡猪切面在40平方厘米内有3个以下囊虫，需经冷冻、盐腌等处理销售；有4～5个虫体，需经高温处理后销售；有6～10个虫体，则作工业用或销毁，严禁鲜销囊虫病猪肉。
3、积极防治人绦虫病。患有钩绦虫的病人，是传播猪囊虫病的唯一来源。应搞好人的普查，确诊为有钩绦虫的病患者，应立即到医院治疗。
4、检疫治疗病猪。利用“快速诊断法”，在防疫中普查仔猪囊虫病，对查出的阳性猪进行药物治疗。可以选用下列药治疗：
（1）氯苯咪唑，每公斤体重60毫克。内服，每日1次，连服4次。服法是混于饲料内，清晨空腹自行采食。
（2）丙硫苯咪唑，每公斤体重60～65毫克，以橄榄油或豆油配成6％悬液，肌肉注射，或每公斤体重20毫克口服，每48小时再服1次，共服用3次。
（3）吡喹酮，每公斤体重50毫克，口服，每天1次，连服3天。或以液体石蜡配成20%悬液，肌肉注射。应用此药后，囊虫出现膨胀现象，故对重症患猪应减少剂量，分次给药，以免引起死亡。
药物预防
本病高发地区，在猪育肥进图前，利用丙硫咪唑进行大剂量驱虫，即按治疗剂量投药，以达到驱除消化道线虫和其它虫体的目的，不仅使猪增重快，又可杀死和预防机体中的囊虫。
