检查肝脏，同样先用肉眼观察，注意肝脏的颜色与正常鱼有无明显变化，有无溃烂、病变、白色和肿瘤等。在肝的表面，有时可发现复殖吸虫的孢囊或虫体，有的则有粘孢子虫、微孢子虫或球虫形成的孢囊的小白点。将外表观察完后，从肝上取少许组织，放在载玻片上，盖上盖玻片，轻轻压平，先在低倍镜下观察，然后再用高倍镜观察，通常在病鱼肝脏上可发现粘孢子虫，微孢子虫等的孢子或胞囊，往往还有吸虫的囊蚴。
内脏 检查内脏时，应先把一边的腹壁剪掉，剪腹壁时注意不损伤内脏。先观察是否有腹水或肉眼可见的较大型的寄生虫。其次是观察内脏的外表，如肝脏的颜色、胆囊是否肿大以及肠道是否正常。然后将靠近咽喉部位的前肠和靠近肛门部位的后肠剪断，取出内脏后，把肝、肠、鳔、胆等分开，再把肠分为前肠、中肠、后肠三段，轻轻去掉肠道中的食物和粪便，然后进行观察。绦虫、吸虫、线虫等比较大的寄生虫，很容易就能看到；如果是肠炎，则会发现肠壁发炎、充血；如果是球虫病和粘孢子虫病，则肠道中一般有较大型的瘤状物，切开瘤状物有乳白色浆液或者肠壁上有成片或稀散的小白点。
检查鳃，可先用剪刀剪取一小片鳃组织，放在载玻片上，滴入适量的清水，盖上盖玻片在显微镜下观察；然后刮取鳃片上的粘液或可疑物，同样按上述方法进行检查。鱼的鳃是特别容易被病原体侵袭寄生的部位，细菌或寄生虫性烂鳃、鳃霉、鳃隐鞭虫、粘孢子虫、微孢子虫、肤孢虫、车轮虫、斜管虫、小瓜虫、半眉虫、舌杯虫、毛管虫等原生动物，指环虫、三代虫、双身虫等单殖吸虫，复殖吸虫囊蚴，软体动物的幼虫以及鳋类等，在鳃上往往都会寄生。为了检查的准确性，每边的鳃至少要检查两片以上，取鳃组织时，最好从每一边鳃的第一片鳃片接近两端的位置剪取一小块，寄生虫大多在鳃小片的这两个位置上有寄生。
粘液在鱼的体表粘液中，除了肉眼可见的较大型的寄生虫和病症外，往往有许多肉眼看不见的病原体，如颤动隐鞭虫、口丝虫、车轮虫以及吸虫囊蚴等，粘孢子虫和小瓜虫的孢囊肉眼也不易区分。在检查时，先用解剖刀刮取鱼体表的粘液，然后按照镜检方法将粘液放到显微镜或解剖镜下观察。
