1、腐烂病
腐烂病是一种感染性的病害，病原属于一种细菌。此病菌感染水草后，叶片上起初出现水渍状褐斑，后渐发黄，乃至全株叶片呈纤维状溶于水中，若与健康叶相接触，很快就会传染。导致此病发生的原因，主要是水草在运输途中，因温度过高，促使细菌滋生而感染。购买者买回水草时，将感染疾病的植株混杂在健康植株中。如果不及时清除，就植于水箱中，病菌很快会传染开来。
防治此病的方法，一是要及时剪除感染疾病的叶或茎。若是丛生型水草，去掉病叶后，隔开放在另一容器里，并观察其发病的进展，一旦发现有新的症状，立即用0.2～0.5μg/g的硫酸铜浸泡，来杀死病原细菌；二是将水箱的水温降至20℃以下，控制病原细菌的繁殖。
2、水羊齿病
水羊齿病主要发生在铁皇冠、黑木蕨等水生羊齿类水草的叶上，病原也是一种感染性的细菌。被感染的叶类或边缘部分，呈现半透明状的浅褐色斑块，与健康植株接触后，易于感染。发生此病的原因与水温偏高有关。故防治此病就时应及时剪除病叶，然后降低温度至20℃以下为宜；并精心养护，以增强植株本身的抗病能力。
3、椒草病
椒草和其它水草相比，因植物体抗病力较差，而容易感病。病原是一种细菌。感染疾病植株的叶片边缘或尖端，呈现出半透明状的淡褐色斑块，以后慢慢地溶于水中。发病原因与腐烂病相似。病情严重时，使整株的叶片溶化掉，有时感染周围的植株。
防治此病的方法主要有降低水温，并频繁地换水，去掉病叶或病株，减少病原。因水箱内有鱼类等生物，水草发病不宜采用药物治疗。
4、缺钾症
症状：水草在生长的初期如果缺乏钾，并不会有明显的症状出现，但是，生长进行到了某一种程度之后，症状便会从水草的开始老叶发生，渐渐殃及新生的幼叶。这是由于钾在水草体内最容易移动，所以，缺钾症状首先会发生在水草的老叶部分。其症状表现为老叶先发生红紫色乃至褐色的斑点或叶边周围发生黄化现象，最后波及整个水草叶面。但是，在尚未波及全叶面之前，水草的新生幼叶也会开始有症状出现，叶体色泽由绿色转变为褐色。此病症发生于皇冠草属时，病症尤为明显，具体表现为：叶片出现红褐色的斑点，数量不多，但大小不一；此外，新生的幼叶，尤其是在顶芽部分整个区域会变成褐色。
病因：缺钾症主要是铵聚集而引起的并发症，时常发生于久未施肥或者缺乏营养肥料的水族箱。钾若缺乏，水草体内的胺基酸便不易形成蛋白质，就容易导致铵的聚集而中毒并发生病症。
处理方法：唯一的解决方法就是赶快补充肥料，尤其是钾肥。在添加适当的肥料以后，病症将得到控制和改善，不会再有继续发生。但是，原先已经带有症状出现的水草叶面则无法排除及还原。换句话来说，就是要控制和防止此病情的恶化非常容易，但是，要使得病的水草恢复健康的状态仍旧需要一定的时日。
5、缺铁症
症状：在水族箱中新种植的水草，在顶端叶面部位的2-3对新生顶芽发生白化透明现象，而水草其他部位的叶面没有这种现象。
病因：这是由于水草缺乏铁质无法形成叶绿素所引起的病症。铁为水草中移动性最小的元素之一，因而很少会由一个组织移动到另一个组织。铁质虽然不是构成叶绿素的成份，但是叶绿素的形成必需要有铁质存在。铁质缺乏时，水草就会发生白化透明现象，尤其是在初期生长阶段的顶部幼芽出现的症状最为明显。例如：将一株原本铁质供应情况良好的皇冠草，移植到缺乏铁质的新环境中种植，就会发生在随后的生长过程中，新生的叶片出现白化透明现象，而老叶部份仍然保持原有良好的绿色状态。
处理方法：造成缺铁症的原因有很多，尤其是品质不良的一些铁肥在添加后极易被氧化沉淀形成无效铁，或与水质中的磷酸作用形成不溶性的磷酸铁而沉淀，也有可能是本身添加的铁肥中的铁质的含量就不足。所以，建议追加一些品质优异的铁肥，大约一星期后就会有明显改善。此外，为了防止类似的情况而再度发生发生必须多注意铁肥的供应是否足够，以及记得改用品质优异的铁肥。
