很多人在新购水族箱中灌满自来水后，立即倒入大量硝化细菌，所谓“开缸”，殊不知硝化细菌也需要废物做“食物”，在新水中往往缺少这些物质，造成硝化细菌活化后，由于缺少“食物”而大量死亡，反而影响了水质。
错误二．生物菌做净水剂
有些人听说“硝化细菌”有“净水”的功效，误以为硝化细菌可以作为净水剂使用．其实硝化细菌可以分解水中的有毒＼有害物质，抑制褐藻等污染水质的生物繁殖，但是不能去除悬浮在水中已有的杂质和藻类，这些需要其他微生物的絮凝作用结成团块，再由过滤器滤出。
错误三．把生物菌当作治疗药剂
当自己心爱的鱼生病时，往往有病乱投医，常看到有人用高浓度的硝化菌当作治疗药剂。硝化细菌可以通过菌群的自身快速繁殖，来抑制有害细菌的增加，并不能直接杀灭病菌。这样不仅耽误了病情，而且造成了药液的浪费。
错误四．生物菌数量越多越好
一般硝化细菌包装说明上会明标明每毫升的含量，通常是5亿个－30亿个，但并不是含量越高越好。这是因为高浓度硝化细菌活体的长时间保存是一个难题，硝化细菌在生产、运输、销售环节中，稍不注意就会使硝化细菌大量死亡，造成硝化细菌失效。硝化细菌的有效期一般在12个月左右。
错误五．生物菌不能和盐配合使用
有人认为盐是杀菌的，所以在添加硝化菌后不能加盐．殊不知很多硝化细菌都是广盐性的，完全可以搭配使用。另外，如果水族箱中病菌大量滋生，鱼也会因此感染上细菌性疾病，此时应该先加入杀菌水，3-5天后待将水族箱中原有病菌杀灭殆尽时，在通过大量换水和活性炭吸附等办法将杀菌水的作用降低后，添加硝化细菌重建生化系统。
错误六．把生物菌当作饲料添加剂
不少硝化细菌成分说明中会强调含高蛋白，甚至直接介绍应该在鱼饲料中添加一定量的硝化细菌，硝化细菌仅是作为水质处理剂使用。饲料中应该添加的最有效生物菌是双歧杆菌、乳酸杆菌、酵母菌等有益菌群。
