无论如何，这一些作法都只是降低微细型藻类生长的初步方法而已。微细型藻类过度生长的营养第二大来源是水族箱里面的残渣堆积。残渣的作用就象是磷酸盐和硝酸盐的储存所，因为根据长时间的观察，残渣会一直释放出测得到的硝酸盐和磷酸盐浓度。在残渣分解并释放养分到水族箱之前，我们可以很轻易地利用经常吸走残渣的作法来控制这个情况。基于同样的理由，前置过滤器的滤材也要经常更换，以便减少由过滤器内废物所分解出来的养分。
三、利用生物方法来控制藻类
除了用化学方法来控制藻类生长以外，也可以用生物方法，最近已经有人指出几种草食性的软体动物在消除藻类时有优异的表现。过去几年以来我用了两种不同型的螺类：陀螺和星螺，这两种在消除藻类的功用都很优异，不过也有些小缺点。陀螺很明显地降低了皮革状微细型藻类的数量，以及用手拔过剩下的发状藻类，不过它们并不吃金黄色矽藻或者是发藻。星螺会吃所有型式的微细型藻类，包括陀螺类不吃的种类。不幸的是星螺的体型还比陀螺要小，如果要达到陀螺同样的效果，就必须放入更多的个体，所以建议可以以两种螺类合并使用来降低藻类。除此之外，倒吊科鱼类也被发现对于某一些形式藻类的减少很有效，特别是螺类不吃的丝状藻。所有的这些动物都能有效地消耗藻类，并且在消化过后以颗粒状的粪便内含有代谢过后的养分，所以在粪便释放出这些养分到水中循环之前就要加以消除。
四、进一步消除藻类的方法
上面所提到的这些方法必须在迷你珊瑚礁水族箱刚刚设立好的阶段的可能性降到最低。在问题开始出现以后也可以使用，不过在这个时候就要采取更进一步的作法。
首先，尽可能的用物理方法将微细型藻类移除，不论是用手拔的、用磨擦的或者用刷的。在这之后，我们就要换入不含任何营养盐的新水。也就是说，不管是人工海水或者是天然海水，都不可以含有可测试到的硝酸盐和磷酸盐浓度。假如藻类还是不断地到处生长，那就要采取更进一步的作法：我们要更勤于吸取水族箱中的残渣并且更换前置过滤器中的滤材，还要降低水族箱中的生态负担。根据经验，藻类的滋生在夏天的时候特别严重。这有可能是温度的升高促进了水族箱中生物的新陈代谢作用，因此造成了更多养分释放到水中。不论如何，上面所谈的步骤和方法都可以协助降低藻类滋生的可能性。
这一些方法不仅可以帮助藻类可用营养盐的降低，也能够协助氧化还原电立的增高，并减少微细型藻类可以生长的种类：由于可使用的营养盐降低，水族箱的状况就更将近真正的珊瑚礁海洋了，如此来，珊瑚和其它的礁岩生物有更多的机会得以生存下去。
