一、人工去除法
在藻类增殖后，最直接的去除方法是手动去除。可以使用合适的工具来去掉附着的藻类，如使用玻璃刷、牙刷将玻璃壁或者器材上的附着藻类去除，水草叶片上附着藻类的话，则可以将叶片直接剪掉。
二、化学药剂去除法
市面上有许多去除藻类的药剂出售，也可以用来杀灭藻类，但是大部分去除藻类的药物对水草也会有害，甚至对鱼虾也有害处，所以我们尽量不使用药物。如果确实需要是使用药物，可采取低浓度使用，在对水草伤害最小的情况下达到杀藻的作用。
三、放养食藻生物法
有些鱼类可以啃食水族箱壁上附生的藻类，如青苔鼠等，我们可以利用这个特点来消灭水族箱中的水藻；还有一些可以吃藻的虾和螺类，例如大河沼虾、黑壳虾，可以在很短的时间内将多数藻类吃掉；苹果螺也可以在水草缸中将附生的藻类啃食掉，而不吃水草。这些鱼虾螺本身也是具有观赏性的，可以根据实际饲养的鱼虾种类进行搭配。
四、紫外线杀藻
使用紫外线杀菌灯（UV灯），在杀灭细菌的同时也会将藻类和藻类的孢子杀死，如果水体中有浮游的藻类，可以用UV循环杀菌灯来杀灭。用紫外线灯照射附着藻类的地方也可以在几天内杀死藻类，但会对水草造成一定影响。
根据实际情况合理使用各种杀菌方法，才可以达到杀灭藻类的效果，同时结合每一种藻类产生的原因来改变水草养殖箱的环境，才能长久根除藻类。
