1、温度
硝化菌合适体温约20-28℃，最适生长及繁殖温度约25℃。一般硝化菌在温度低于5℃及高于42℃就停止代谢作用，超过此一范围一般硝化菌很难存活。
2、光
硝化菌不像绿色植物及某些自营性光合细菌一般具有光合色素，因此不能利用日光进行光合作用合成有机物。不仅无法利用日光，反而会害怕日光照射。
3、底质
硝化菌非常需要底质，但不同的是它的目的不在于觅食，而是底质可以提供附着、掩蔽和获得其所需要的氨源及营养源。许多硝化菌没有找到适当底质前不能进行繁殖，以及不能利氨源与营养源。
4、水流
由于硝化菌的固着生活特征，必须靠水流输送它所需要的氧气、氨及营养物质等生存资源。
5、溶氧
溶氧为硝化菌不可或缺的生活要素。建议是不要低于2ppm。
6、ph值
一般而言，绝大多数硝化细菌比较喜欢生长在弱碱性的环中，其ph值约7.5~8.2。ph值会影响硝化细菌生长与繁殖。亚硝酸菌ph范围7.0~8.0，最佳平均是7.8。硝酸菌范围约6.5~8.5。
7、竞争排除作用
指硝化菌的生活空间遭到其它异营性细菌的排挤压力，导致硝化菌族群无法持续发展，乃至有逐渐萎缩趋势。有机物污染不但会影响硝化细菌生长，也会引来异营性细菌，逼使它们不得不撤离家园，重觅他处寻求发展。
