（1）最有效的办法就是使用紫外线杀菌灯（UV灯），推荐使用自带内滤的紫外线杀菌灯。因为流经紫外线灯管的水流流速越慢，紫外线对水中的生物杀伤力就越大。所以不推荐用滤桶出水管直接连接紫外线灯，因为现在使用的一般都是大功率的滤桶，出水流速很快，连接紫外线灯也相对麻烦一些，有漏水的风险，不如直接把带内滤的紫外线灯放入缸中，连接两个电源就行了（一般来说，内滤和UV灯都有各自的电源线），像绿水一般每晚连续开灯6-10个小时，只需两三个晚上就能根除。
（2）其次可以增添一个精细过滤器（Fine filter）这种精细过滤器甚至可以过滤细菌和病毒这样微小的颗粒，对藻类及其孢子当然也不会放过，不过这种过滤器（通常是硅藻土过滤器）价格不菲，又要经常更换滤材，所以不是最佳的选择。
（3）可以遮光并大量换水，这是最简单的办法，确实能解决部分问题（对绿水比较有效）。要注意的是，换的新水最好是曝气多日的自来水，且与草缸水温相差不宜超过5度，最好是相同温度。
（4）可以加强滤桶的过滤效果，如增加一个全棉前置、主滤桶塞满足量的羊毛绒及细过滤棉、还可以加入一层漂洗干净的优质活性炭（颗粒越小越好）。另外也可以在水中投放少量硝化细菌制剂（可能会有短暂浑水的副作用）、EM菌（有效但不是特效）、化学净水剂（副作用比较多，慎用）等等。
（5）用专门的臭氧机在缸内产生臭氧(O3)，以其强氧化性杀死浮游生物及原生动物。还有一种电子除藻器，原理和臭氧机类似，但是功能会多一些，价格也比较贵一些，可以考虑。
如果条件不允许，不能上UV灯或臭氧机及电子除藻器的话，可以在强化过滤的同时遮光并大量换水，一般也能解决问题。
