1、绿毛藻
去除藻类，恐怕先了解一下水箱中的藻类常常孳生的种类，最常见的是附着于缸壁内侧玻璃上的上一层褐色的附着性藻类，是属于较容易清除的藻种。起因是水中硝酸盐含量过高而导致大量增生。第二种是一种绿色的毛状丛生藻类，此等藻类属于较高等的绿藻类，常发生在水草丛的上方，它扩张速度慢，看似不构成威胁，但用手摘除后其部份细小断裂丝状藻类却仍“住”在丛生水草如珍珠草，鹿角铁皇冠及墨丝丛中，随时伺机而发，因此有种野火烧不尽，春风吹又生的无力感。今天除掉，明后天又看见一丛丛绿毛藻逐渐集结。第三种是绿色丝状藻，但不象上述的绿毛藻丛生，它会一端附生在水草叶片上，另一端则随水流摇曳生态，渐流渐长，它的生态特性与绿毛藻有相同的地方，也是野火烧不尽型的。在德国的某家杂志中把这种藻归类在“水质良好、水草健康成长”的指标生物，所以看到这种藻不知道是要恭喜你还是要同情你！其实这三种丝状藻又可细分为粗丝状及细丝状，上述的主角是指粗的品种而言，细丝状则不若粗丝状种来得那么反应水草缸的健康状况。因为这种细丝状毛藻常在一些养种状况不好的水草缸出现，而且丝牵得很长，故常被戏称“放风筝”！
2、黑毛藻
第四种常见的藻类就是最令人讨恶的黑毛藻或称刷状藻的品种，其实它是一种红藻，在水中磷酸盐过高或硝盐过盛的情形下，又加上水流较强或气曝过滤设备，就会快速出现，占据水草缸的一个角落，当然水草身上也无一幸免，此时即使换水降低磷酸和硝酸盐到零的地步，这种黑毛藻也不会消失，只是扩张速度慢一点而已，所以一般人见到这种藻真是又恨又怕，几乎是象被判了死刑一样。
去除上述藻类，有些容易有些较为棘手，但是下列的对抗政策略绝对值得参考，而对抗层次不同，互相搭配使用，应该是可以解决藻类问题的！
a、物理清除法
如玻璃壁上褐色藻层，可以轻易的用细软布匹或三角板等将其去除，至于叶片上的藻类可用手指将其搓掉，此时并配合换水保养，可以大量稀释藻类孢子。但请别忘了根本的问题在于水中过多的残存营养源，如硝酸盐等，良好的过滤与正确的光源还有减少喂食才是最根本的治本方法。至于第二及第三种绿毛藻与丝状藻，可以用手将其摘除，或使用毛刷将其卷附掉，可以很快去掉大量藻体，但只能治标不能治本。
b、生物防治法
加入藻食性生物来吃掉增生的藻类，是一种最和平又具生态平衡观念的藻类防治法。水草缸中适合放入食藻鱼有小精灵，它适合去除褐色藻层，而青苔鼠也是不错的选择，只是成鱼个体大，有时在休息时会压垮部份细嫩草技。嗜食藻类的金线飞狐（Epalzeoryhnchus siamensis）是非常值得推荐的食藻鱼，它具有强大的食藻能力，绿毛藻、丝状藻是它的最爱，而黑毛藻只要附着的地方足够提供它咬食时的施力点，如石头、枯木表面，它也会克尽职责──将其啄食，但叶片上的黑毛藻恐怕是无法根除的，因为它少了着力点无法施力，在此强调一点，不要挑选到（Epalzeorhynchus kallopterus）泰国飞狐，因为它吃藻机会不高，而且嗜食美味饲料，所以别选错了！不过市面上的金线飞狐数量不多，出现机率少，恐得多逛逛水族馆了！
侧线黑纵带是否有延至尾叉则为金线飞狐，无则为泰国飞狐食藻虾则可选择最常见的黑壳虾，它负责清除鱼缸中沉积物，使藻类不易孳生。另外如大和沼虾则是摄食丝状藻的高手，也是相当好的水草共生虾类。基本上无攻击性而且不带有螯，个体不会过大的虾类都可以列入名单中。
c、药剂防治法
当所有的防治清除方法都没有令人满意的功效时，使用含除藻成份的化学药剂可能是最后一道防线了：选用藻类防治剂也是必须仔细挑选品牌与功能性，有些市售品牌不只除藻而且除草，这是可怕的一件事，若因此而毁了整缸水草，恐怕得不偿失！良好设计的除藻剂往往具有阶段性的有效功能，例如：依使用方法在第一阶段或疗程可以清除容易清除的丝状藻，第二疗程目标可以清除较为顽固的绿毛藻，第三疗程目标则可去除最令人伤脑筋的黑毛藻，依次分类设计可针对不同藻类对象施予不同等级的治疗方式，可以确保有效克制藻类及孢子，更重要的是如何安全的设计可以保证水草及鱼只生命安全，使藻类完全被清除也还给水草缸一个生气盎然的生态景观！
