在水草缸中也一样，鱼只的数量过多、过滤功能变差、太阳光线的照射或过多的光量，都会导致植物性浮游生物（藻类）的急遽繁殖而可能造成”绿水”或”黄绿水”，如果有此情形发生必须作到彻底换水、有效控制鱼只数量及防止直接或间接阳光的照射。
水草缸的使用水，一般以自来水、山泉水、河川水为来源。欲将原水注入水缸前如未将浮游於水中的藻类或孢仔杀灭，而直接注入水草缸中，藻类孢仔由於水缸中的光源配合养分的吸收而繁殖，导致水质混浊绿色化或黄褐化。
倘不幸注入的水中含有多量具有毒性的藻类，则会导致鱼虾、水中生物致死，但不自知者比比皆是。毒性藻类诸如典型的绿色鞭毛藻、褐色鞭毛藻、黄色鞭毛藻、蓝藻（并非全部蓝澡皆有毒性，仅部分品种的蓝藻具有毒性）、涡鞭藻等皆是。
混浊的原由大致上产生黄绿褐色水的原因，系采用上游水源。
上游水源中含有果园、高尔夫球场草坪等，施用的高氮、磷肥为主的成分，如逢水草缸中的环境不佳，诸如：1.新设缸硝化系统尚未建立，导致有机物分解不完全，硝酸浓度＞50mg＼L时。2.为了提高硬度而误用PH＞7.5的珊瑚砂时。3.光线不足，导致水草未行光合作用未冒泡（水中溶养量不足），硝化菌繁殖差时。
