任何生物多存在着遗传、变异和选择，这是物种的基础。遗传使物种保持了原来的性状，同时，遗传还能把产生的变异在下一代的个体上巩固下来。热带鱼比其他生物具有更多的产生变异的条件，繁殖、杂交、变异的机会多，品种也就多。但是，对已经形成好和稳定的品种不能再返交，否则，后代将返祖或者退化，会失去其优良的性状。
在历史的长河中，一方面自然界中的热带鱼，在特定水域环境的适应中，繁殖、杂交、一代代产子过程中发生变异；另一方面，各种美丽的热带鱼被人们发现后，经千百年来不断的人工优选、杂交和人工水体中定向培育，又获得了许多新的品种。有的体型变小，适宜在小水体中饲养观赏；有的品种原生活在河口浅海半咸半淡水域，经人工驯化的结果，适应了淡水中生活，也成为淡水热带鱼品种，从而形成了现在的这样众多、千姿百态的热带鱼种类。例如，暹斗鱼的体色原为肉色，仅鳍呈红色，并不引人注目，只因其好斗才引起人们对它的兴趣。后经人工不断地杂交筛选培育，出现了全身鲜红色、蓝色、绿色、淡紫色以及多色混合的斗鱼。雌鱼也很美丽，各鳍也有所变化，雄鱼的腹鳍、臀鳍、尾鳍、背鳍长大发达，飘逸如旗，格斗时频频振动，十分威武，因而深受人们的青睐。
它的变化主要表现在体型、色彩两个方面。例如，色彩斑斓的孔雀鱼拥有众多的品种，无论从鱼鳍的形态、鱼体的花色，差别都是非常大的。在群养、混养的情况下，孔雀鱼的变异是非常快的，当一群小鱼苗逐渐长大时，你会惊喜地发现许多你未曾见过的花色。如玛丽鱼，我们常见的人工培育而成的通身乌黑发亮的黑玛丽鱼，经过杂交和培育，品种不断增加，先后出现了集高鳍黑玛丽、燕尾黑玛丽、高鳍燕尾特征于一身的黑玛丽鱼。在此基础上人们还未停步仍然在创造着新的品种，皮球黑玛丽的出现便是证明。人们将高鳍、燕尾、皮球的特点集中在黑玛丽身上，让它按照人们的想象不断改变自己的形象，使之更完美动人。品种变异还包括生物学中所讲的“白化”品种，例如玛丽鱼中银玛丽，剑尾鱼中的白剑尾鱼和地图鱼的白化品种白地图鱼，物种的白化过程也为人们提供了繁育新品种的条件。此外，人们在繁殖新品种时注意到热带鱼的每一种变化，如虎皮鱼群中出现体色较重，四道绿色斑纹变成四道白色痕迹的虎皮就把它单独饲养起来，再一次进行繁育由此而生出一个新品种——金虎皮鱼。金头神仙鱼中眼部有黑变红的鱼儿出现当然这不是病态而是由于眼部黑色素消失致使血管中的红色直接反映出来的结果。银白色的神仙鱼配上一双红得透明的眼睛分外逗人喜爱，于是红眼金头神仙鱼这一品种夜由此产生了。
