金鱼的眼形变异很大，除草鱼为正常眼外，其他因品种不同分为龙睛眼、望天眼、蛤蟆头和水泡眼4种。凡眼睛长在头部两侧且居中，呈圆形且角膜透明，为正常眼。龙睛眼眼球很像算盘珠突于眼眶之外，显得特别大，望天眼的眼球也膨大突出，且向中反转90度角，直朝天空，故名望天眼；水泡眼眼球正常，但眼眶内充液体，形成半透明泡状外突于头两侧，很像两个气球，蛤蟆头眼形似蛙，眼球正常炽是眼眶中的半透明液体较少，形成的突起小水泡眼，帮称水泡眼。
金鱼的体型变异主要是由狭长形变为短圆形。野生的鲫鱼体细长而侧扁，草金鱼体形就如此。而其他类型的金鱼，体型变化很在，且常因品种而异。但总的来说是表现为躯干的缩短，整个躯干多成为椭圆形或纺锤形。有的腹部显得特别膨大而肥圆，甚至成为球形，尾柄则往往陡然细而短小。
金鱼的鳞片有正常鳞、透明鳞和珍珠鳞3种。透明鳞为失去色素细胞而形成，像一片透光的塑料片；珍珠鳞就是半突状含有常常石灰质的鳞，边缘部分颜色深，中央部分颜色浅且外突，仿佛鳞片上镶有一颗小珍珠；正常鳞含有反光组织的色素细胞，表现出各种色彩。鳞片因外伤而脱落后，可以再生，但再生鳞片的形状、大小和位置都与原来鳞片有所差异，有的差异还很大，不协调，因此非常难看，降低了观赏价值。饲养金鱼时应昼避免鳞片脱落。
