在自然环境中，河流的流经过的地方附生大量有益菌群，他们可以将水中生物所产生的代谢物及外来污染物分解。以保持水质清洁、无害。在水族箱中建立有益菌群，可以长时间保持水质，不用经常换水。在水族箱中添加硝化细菌是建立生物分解系统的捷径。市面上销售的硝化细菌主要分为两类，活性硝化细菌和人造硝化细菌。活性硝化细菌是以活体菌群作为主要物质。人造硝化细菌则是以促进水中已有硝化细菌生长的物质。活性硝化细菌起效时间短，根据水温通常在2-5天内即可，水温在25-30度作用最为明显。但是保存时间短，通常不超过12个月。人造硝化细菌由于不含活性菌株，保存时间长，通常在2年左右。但是起效时间较长。在建立生物系统前，可以结合使用水质澄清剂使用。
养鱼先养水，已经成为不争的经验。如何在家庭中“养”好一缸清澈、无毒害的水显得至关重要。家庭养鱼不同于鱼场养鱼。水体空间狭小，而且要求水质清澈透明，便于观赏金鱼。鱼场养鱼则是为了使金鱼快速生长，有专业鱼工时时监看水质，水体宽大，适于金鱼长大。家庭养金鱼有自己的优势。比如水温，由于家庭养鱼普遍在室内，因此不受刮风下雨等影响。再有在家庭养鱼由于水量较小，便于水质观察和药物控制。
