金鱼群体总的DNA多态位点百分率为23.3%。结果表明,5种金鱼群体间的遗传相似性指数均在0.8759 ̄0.818之间,存在一定的差异,但未达到显著水平,群体间遗传多样性差异不明显。群体间遗传相似性度最小的为草金和黑寿(0.8759),其遗传距离最大(0.1241),说明这2种群体亲缘关系最远。
鹤顶红与黑寿的遗传相似性度最大(0.9182),其遗传距离最小(0.0818),可推断两者的亲缘关系较近。UPGMA法和NJ法的聚类分析显示,草金和红龙睛,鹤顶红和黑寿有较近的亲缘关系,这与传统金鱼品种演化关系的观点一致。研究金鱼遗传多样性对保护金鱼的种质资源有重要意义。