花鼠鱼饲养在合宜的环境下，吃得饱住得好，罹患疾病的机会实在不大，可是若病起来，通常一死就是一整缸，因为一些花鼠鱼特有的疾病传染力都很强，也不容易治愈。
除去以上谈过的关于进口处理及水质所引发的疾病，还有一种所有鼠迷最害怕的疾病——红斑症。红斑症发生的原因众说纷云，有人说是氨中毒，有人说是水质极度恶化，但是一般认为是外伤引起的细菌感染。有时候饲养一段时间的花鼠鱼，仅仅因为捕捞、移缸，就出现红斑症，这应该也是外伤所造成。除了尽量避免对花鼠鱼造成外伤，保持洁净的水质亦可有效预防，因为就算花鼠鱼已经受了外伤，水中没有足够数量的有害细菌，一样不会造成花鼠鱼红斑症的发生。
当花鼠鱼出现问题时，首先要判断是水质不良或是病了，若是水质不良通常只要大量换水，短时间之内就可获得改善；确定是病了再依病症下药，千万不要随便乱投药，花鼠鱼对药物十分敏感，“药到命除”这种事在花鼠鱼身上可是常发生的。此外一般养鱼投药时多半也会下盐以缩短治疗时间，这对花鼠鱼来说也是十分忌讳的，花鼠鱼的耐盐性奇差无比，万不可尝试。
二、繁殖
花鼠鱼是卵生鱼类，繁殖比较容易，其雌雄的主要区别是：雄鱼身体较小；雌鱼性成熟时腹部较膨胀。繁殖水温以22摄氏度左右为宜。繁殖前可先在繁殖箱里放一块平的石块，然后将挑选好的亲鱼按雌:雄＝1:1的比例放入，繁殖时，雄鱼先射精，雌鱼将雄鱼射出的精液用嘴含着粘在岩石上，再往精液上排卵，每次可产5粒卵左右，以此重复数次，直至将卵排完。
每对亲鱼每次可产卵100粒左右，产卵结束后，应将亲鱼捞出。 受精卵经过96小时左右便可孵化出幼鱼，幼鱼再经过24小时左右便可游动，摄食、这时应喂以“灰水”。 幼鱼约需9个月达性成熟，一年可繁殖多次。
