龟蛋在收集后、孵化前要进行一次消毒工作，龟蛋的消毒不同于环境的消毒，消毒方法有很多种，既可以保证龟蛋的消毒效果，又可以保证龟蛋的正常孵化。
一、新洁尔灭消毒法
可用5%的新洁尔灭原液，加水配制成0.1%的溶液，用喷雾器喷洒在种蛋表面即可。
二、碘液消毒法
将种蛋置于0.1%的碘液中浸泡30~60秒，取出沥干后装盘。碘溶液的配制方法：碘片10克，碘化钾15克，二者同溶于1000毫升清水中，然后再倒入9000毫升清水中即可。浸泡种蛋10次后，溶液中的碘浓度会降低，如需再用，则可延长浸泡时间至90秒，或者添加新配制的溶液。
三、土霉素消毒法
将种蛋放入预先配好的土霉素盐酸盐水溶液中浸泡15分钟。药液浓度为0.05%（即1公斤水中放0.5克土霉素盐酸盐），溶液的温度为4℃。如温度高时，可将冰块放入溶液内降温至4℃后，再将种蛋放入浸泡，15分钟后取出在孵化室内放置1~2分钟，当种蛋表面不太湿时，放回孵化机内继续孵化。这种方法对支原体的消毒效果显著。
四、三氧化氯泡沫消毒剂消毒法
近年来国外开始采用三氧化氯泡沫消毒剂消毒种蛋，效果很好。三氧化氯泡沫在使用时，不破坏蛋壳胶膜，而且省药安全、省力，省药、无气雾、无回溅。三氧化氯泡沫呈重叠状，附着于蛋壳表面时间长，杀菌彻底而对种蛋无伤害。据实验，用三氧化氯泡沫消毒剂消毒脏鸭蛋，可提高孵化率10%以上。
具体消毒方法：用40PPm三氧化氯泡沫消毒剂消毒种蛋5分钟即可。三氧化氯泡沫消毒对减少蛋壳及蛋内细菌效果及佳，特别适合容易受污染的水禽类种蛋的消毒。
五、福尔马林（甲醛溶液）消毒法
用福尔马林与高锰酸钾混合熏蒸消毒种蛋和孵化机。每立方米用5克高锰酸钾和30毫升福尔马林。这种熏蒸消毒法，可以同时消毒种蛋和孵化机。
六、高锰酸钾（灰锰氧）消毒法
高锰酸钾为黑紫色结晶，有金属光泽，易溶于水。消毒种蛋时用0.5%的高锰酸钾溶液浸泡种蛋1分钟，取出沥干后装盘即可。
