养殖美洲鳄龟理想的水色是由绿藻或硅藻所形成的黄绿色或黄褐色，这些绿藻或硅藻是池塘微生态环境中一种良性生物群落，对水质起到净化作用。因此，在养殖过程中要有意识地调控这一理想水色。
目前最常规的方法是在池水中按比例施放氮肥和磷肥，如瘦水池塘早期施放有机肥，追肥量视池塘水质透明度、pH值、水色等灵活掌握，每星期追肥一次。到养殖中后期由于残饵及鳄龟的排泄物增多，一般水色变深，此时应采取适量换水或施用一定的沸石粉或生石灰来控制水色的措施。 在养殖鳄龟池中施放有益微生物，如光合细菌、EM生物活性细菌等，能及时降解进入水体中的有机物，如动物尸体、残饵等，减少有机耗氧，稳定pH值，同时能均衡地给单细胞藻类进行光合作用提供营养，平衡藻相和菌相，稳定池塘水色。
