肉鸡屠宰过程中，由于屠宰畜经长途运输或过度疲劳，细菌容易经消化道进入血液。未经休息而立即宰杀时，其肌肉和实质性器官有细菌侵入；在剥皮时，有可能受外界污染，造成胴体表面的微生物污染；去内脏时，内脏破裂带来交叉污染；冲洗过程中，冲洗不彻底造成致病菌生长；在冷却阶段，温度不当也会造成致 病菌生长；包装阶段，会受到包装材料中有害化学物的污染。
肉鸡在加工、运输和储藏过程中会有受污染的隐患，添加剂的使用也会造成污染。主要是一部分化学合成的添加剂具有一定的毒性和致癌性，能危害人体健康。肉鸡从生产加工到达消费者手中，必然要使用各种运输工具。在运输过程中，常常由于违反操作要求而造成微生物、化学物污染，如运输车辆不清洁，在使用前未经彻底清洗和消毒而连续使用，严重污染新鲜食品；或在运输途中包装破损，受到尘土和空气中微生物、化学的污染。