一、通风贮藏库
入库前，通风库应用5～10克/立方米的硫磺熏蒸消毒。选择个大、无病虫害和机械损伤的薯块装筐堆叠于库内，每筐约25千克，所装的马铃薯距筐口5厘米左右，以防止筐内马铃薯被压伤同时也有利于通风。堆高一般以五六筐高为宜。另外也可将马铃薯散堆于库中，堆高一般为1.3～1.7米，薯堆与天花板留出60～80厘米的空间。每距2～3米，在薯堆中放一个通风筒，以利通风散热，为加速排出薯堆中的热量和湿气，可在薯堆底部设通风道与通气筒连接，用鼓风机吹入冷风。
贮藏初期马铃薯呼吸作用较旺盛，气温也较高，因此要在早晚气温较低时通风，也可用排风扇通风，以利散热，降低库温。经过一段时间，马铃薯进入深休眠期后，就可不必较多地通风了。贮藏后期，在马铃薯将脱离休眠并开始萌发时，主要的管理措施是创造适宜的低温条件和用药物处理，迫使薯块延长休眠时间，达到抑制发芽的效果。具体方法是在收获后两个月左右，用萘乙酸甲酯或乙酯400～500克，用丙酮溶解，拌入15～20千克细土，待丙酮挥发后，均匀撒入1万千克薯块中，覆盖闷闭以防药快速挥发。
马铃薯在较长时间堆藏后，中间和下层会有热量积累，温度高于上层。下层热气流上升并与表层冷空气相遇后，会在薯块表面凝成水珠，即发汗。假如发汗的水汽不能很快地消失，就会加速薯块的变质。因此，加强通气使空气保持流畅，有利于水汽散发，能防止结露，对降低温、湿度，抑制发芽，减少腐烂都是有利的。
马铃薯贮藏过程中，需要倒动检查2～3次，入库后半个月左右倒动检查一次，剔除开始腐烂变质的块茎，防止腐烂蔓延。贮藏过程中，如发现有腐烂变质的情况，应随时倒动检查，立春后气温逐渐上升，要进行倒堆，挑出烂薯及发芽的块茎。
二、冷库贮藏
马铃薯经挑选后装入荆条筐或塑料筐，在3℃下预冷。贮藏期间，冷库温床控制在2～3℃，空气相对湿度85％～90％，一般每隔1个月检查一次，发现生病的薯块要及时捡出，防止传染。