番茄芽枯病主要发生在夏秋设施栽培和山地无灌溉条件的番茄上，一般在每年的高温季节出现。其症状是在靠近生长点下出现一条纵向的裂缝，严重时里面出现空洞，缝的形态各异，缝隙线形或者“Y”字形，也有呈三角形，缝中有时为褐色，但无虫粪。而靠近生长点附近的侧枝变粗、坚硬。缝隙出现后植株生长不良，靠近缝处易折断。