新建池或旧池大出料后重新装料启动运行，一般1～3天就应该开始产气。但是有的池子投料半个月，甚至一个月都还没有沼气产生，这是由于出现了发酵启动故障。
产生启动故障的原因，是在启动操作中有一项或数项未按操作要求去做，使沼气池不具备产气条件。因此，要按要求逐项检查，找出原因，进行排除。
（1）检查加入的发酵原料是否混有农药等杀虫剂、杀菌剂、刚消过毒的畜禽粪便、或其他会抑制沼气微生物活动的物质。如果是这个原因，就必须将发酵料抽出，堆沤一段时间。待抗菌素类物质失效后再用。
（2）检查是否加入的原料不合格。如果加入未腐熟的猪粪或鸡粪，要想启动产气是十分困难的。其次，要看接种物是否质量差、数量少，造成沼气池内少菌种，料液酸化。可以用试纸或请技术员检查料液的酸碱度（pH）是否离了6.5～7.5的范围。如果低于6，即可以确定该沼气池已经酸化，不具备沼气的发酵条件。
排除方法是：抽出发酵料液的30%。再加入正常产气的沼气池料液和其他接种物共30%，重新启动。或用草木灰按30千克/立方米浸出水加入池内，搅拌调整pH值，再看是否能正常发酵。
（3）检查是否投料偏多，发酵物浓度偏高，接种物和菌种偏僻少，但还没有达到酸化状态。这时需要等待一段时间，待产甲烷菌繁殖起来即可产气。
（4）检查沼气池发酵料液温度是否偏低。产沼气微生物在料温低于8℃时，基本上就会停止新陈代谢。如果温度偏低，就要设法提高料温，或等待气温升高，池温上升后即可产气。
（5）如果以上原因都不存在，就要对沼气池、输气系统管路及调控器进行漏损检验。
如果是池体的问题，就要抽出料液，对池体进行修补。
二、运行故障及排除
1、 开启阀门用气时，压力表读数急剧下降，关闭阀门后，压力表读数又急剧上升。
主要原因：
（1）导气管管径太小或者有异物堵塞。
（2）输气管路太长或有堵塞。
（3）调控器内脱硫器中脱硫剂结块，造成通气不畅。
排除方法：
（1）疏通导气管内堵塞物，若导气管管径太小，应予更换。
（2）调控器内的脱硫剂一般情况下使用半年后应更换或再生。否则，会大大削弱通气能力，还会影响脱硫效果，所以，定期对脱硫剂进行再生或更换是保证高效使用沼气的有效措施。
2.投入原料已很多，产气数量却很少
按道理讲，在沼气池容积有保证的情况下，投入的原料越多，产生的沼气量也应该越多。投入原料的数量与产气量不相吻合，原因较多。
主要原因：
（1）料温低，沼气发酵过程缓慢。
（2）原料陈旧，能被沼气微生物消化转化的有机物已经被消耗殆尽。
（3）原料太多，发酵浓度过高，不利于产甲烷微生物运动消化。
（4）沼气池或输气系统漏气。
排除方法：
（1）若料温太低，浓度不高，应补充热性原料或温水，以提高发酵温度。
（2）若原料太陈旧，应清出去部分旧料，补充部分新鲜料液。
（3）若发酵料液浓度过高，应停止进料，及时补充废水和活性污泥。
（4）仔细检查沼气池和输气管是否漏气。若发现是沼气池或输气管漏气，应按相关办法进行处理。
3、脱硫剂的更换
沼气脱硫，常采用氧化铁作为脱硫剂。目前组装入调控器中的脱硫瓶大都是聚氯乙烯塑料瓶，装入脱硫剂大约1.5～2千克。在正常使用条件下，六到八个月就会失去活性，因此必须对脱硫剂进行再生，由于脱硫再生会释放出热量，若在封闭的调控器中进行，热量得不到及时散失，会使瓶内迅速升温，最高时温度可达到300℃，会损坏装脱硫剂的塑料瓶子。轻则变形重则将脱硫瓶烧坏。所以，在脱硫剂再生进，一定要把脱硫剂从容器中倒出，在阴凉处阴干后重新装回脱硫器使用。另外，在出料时要并闭净化器开关或灶具开关，避免空气直接进入脱硫器。