沼肥的还原性较强，如将出池后的沼肥立即施用，它会与作物争夺土壤中的氧气，影响种子发芽和根系发育，导致作物叶片发黄、凋萎。因此，沼肥出池后，一般先在储粪池中堆沤5～7天再施用。如果在堆沤前，按10：1的比例混入一成的磷肥，效果更佳。
二、忌不兑水直接追施
不兑水直接施在作物上，尤其是用来追施幼苗，会使作物出现灼伤现象。沼肥作追肥时，要先兑水，一般兑水量为沼液的一半。
三、忌表土撒施
施于旱地作物宜采用穴施、沟施，然后盖土；施用于水田应在耖坯前均匀撒施田面，然后犁翻入底层。
四、忌过量施用
施用沼肥的量不能太多，一般要比施用普通猪粪肥少。若盲目大量施用沼肥，会导致作物徒长，行间荫蔽，造成减产。
五、忌与草木灰、石灰等碱性肥料混施
草木灰、石灰等碱性较强，与沼肥混合，会造成氮肥的损失，降低肥效。