化肥过量施用问题。全省年折纯化肥施用量达 472.7万吨,占全国化肥施用量的8%,氮肥利用率为30%左右,仅为发达国家水平的1/2。播亩平均化肥用量27.2公斤,比全国平均用量高6公斤, 比世界平均用量高19.2公斤。超量化肥投入,造成山东土壤酸化、次生盐渍化加重。特别是近年来,山东土壤酸化速度加快,胶东地区尤为突出,pH值小于 5.5的酸化土壤面积已达980多万亩。土壤酸化造成土壤养分比例失调,作物发病率升高,农产品品质下降。pH值低于4.5的地块,一般可造成作物减产 30%以上。
　　农药残留污染问题。全省化学农药年使用总量 一般在16万吨左右,农药利用率不到30%,比发达国家低20个百分点以上,其中大部分农药残留消解在土壤、水等环境介质中。农药残留污染不但对有益生物 特别是微生物造成伤害,破坏生态平衡,导致土传病害加重,耕地生产能力下降,而且造成农产品农药残留超标,影响农产品质量安全,危及公众身体健康。
　　地膜残留污染问题。山东地膜用量近10年来趋于平稳,基本保持在14万吨左右,覆盖面积3600多万亩。由于地膜厚度小、易破损,基本不回收。残留地膜不仅破坏土壤结构,降低透气性、透水性,而且影响作物出苗,阻碍根系生长,可导致农作物减产10%以上。
　　秸秆未有效利用问题。2013年,全省农作物秸秆总量达到8650万吨,其中7000万吨得到综合利用,占秸秆总量的81%。全省常年秸秆还田面积8000万亩以上,部分地区因秸秆还田技术和配套措施不到位,对农作物生长造成一定不利影响。
　　畜禽粪便污染问题。目前,全省畜禽粪便无害化处理率不足40%,大量未经处理的畜禽粪便直接排入农田,不仅会造成耕地污染,还会引发动物疫病传播和人畜共患疾病的发生。
　　重金属污染问题。工矿企业周边、污水灌区及 大中城市郊区等重点区域的农田受到持续污染,对农产品质量安全造成了严重威胁。同时,由于农药和畜禽粪便等农业投入品的过量使用,导致重金属污染来源广 泛,源头控制难度加大。重金属污染不仅可以造成作物减产和农产品品质下降,甚至还会通过食物链对人体健康和生命安全造成直接危害。