一种好的生物肥料在有效活菌数、含水量、PH值、吸附剂颗粒细度、有机质含量、杂菌率以及有效保存期等方面都有严格的要求。根据我国NY227－94农业行业标准规定，液体生物肥料每毫升应含5亿～15亿个活的有效菌。固体生物肥每克含活的有效菌为1亿～3亿个，含水量20％～35％为宜，吸附剂细度在0.18毫米左右，吸附剂的细度越细吸附的有效菌就越多。PH5.5～7.5，杂菌率低于15％～20％，不含致病菌和寄生虫，有效保存期不低于6个月。
        当前，随着生物肥料的发展，少数地方在生产生物肥料时出现了无生产许可证、生产工艺落后、用未通过鉴定的菌种进行生产、有效菌含量低、杂菌超标等现象。还有些厂家在生物肥料中加入不适量的化肥或其它添加剂，使肥料中化肥的氮、磷、钾含量过高导致有效菌死亡，而失去生物肥的作用。因此在选用生物肥料时要注意产品质量，防止假冒伪劣产品，以避免给农业生产带来不应有的损失。