在沼气池内，沼气细菌接触到有害物质时就会中毒，轻者停止繁殖，重者死亡，造成沼气池停止产气。因此在日常管理中，不要误向池内投入下列有害物质：
    一、各种农药、柴油，特别是有机杀菌剂、抗菌素、驱虫剂；
    二、重金属化合物，含有毒性物质的工业废水、盐类；
    三、刚消过毒的禽畜粪便；
    四、喷洒了农药的作物茎叶；
    五、能做土农药的各种植物，如核桃叶、银杏叶、猫儿眼、黄花篙、臭椿叶、泡桐叶、水杉、梧桐叶、苦楝叶、断肠草、辣蓼子、烟梗等植物要严禁入池，因为他们中含有抑制或杀死甲烷菌的成分；
    六、各种辛辣物，如葱、蒜、辣椒、韭菜、萝卜等的苗；
    七、洗衣粉、洗衣服的水都不能进入沼气池。
    八、豆饼、生豆饼、棉子饼等在空气不足的条件下会产生磷化氢，这是一种有毒的气体，不仅对甲烷细菌不利，而且人、畜接触后容易发生中毒，故此类麸饼也严禁入池。
    如果发现中毒，将池内发酵料液取出一半，再投入一半新料，在产气排空2—3天就能正常产气。