在饮水中加入适量的消毒药物杀死水中的病原体，这就是饮水消毒。临床上常见的饮水消毒剂多为氯制剂、碘制剂和复合季铵盐类等。消毒药可以直接加入蓄水池或水箱中，用药量以最远端饮水器或水槽中的有效浓度达到该类消毒药的最适饮水浓度为宜。畜禽喝的是经过消毒的水，而不是喝的消毒药水，任意加大水中消毒药物的浓度或长期饮用消毒水，除可引起急性中毒外，还可杀死或抑制肠道内的正常菌群，影响饲料的消化吸收，对畜禽健康造成危害，另外还会影响疫苗的防疫效果。饮水消毒应该是预防性的，而不是治疗性的，因而对畜禽饮用消毒水要谨慎行事。