为减少采收损失，减轻病菌危害，菠萝采收时间以早晨露水干后为宜，阴雨天不宜采收，以免发生果腐病。采收当中应留2cm长的果柄 ，作为鲜果销售，可保留果顶冠芽。远距离运销，为节省包装与贮藏费用，还是除去冠芽为好。
　　菠萝采后损失主要由病菌引起的病害即黑腐病、褐腐病以及生理性病害黑心病等。
　　菠萝黑腐病：黑腐病又称软腐病，其病菌可从果实冠芽切口、果皮伤口入侵果肉，或在收获期从果柄上的切割口入侵果实，或贮运装卸的损伤伤口处发生感染，感染48小时后即可出现症状，发病初期，病菌侵染部位产生暗淡或微褐色的水渍病斑，严重时，颜色变为灰褐色至黑褐色并流水。防治该病一方面要避免机械损伤，采后防止日晒；另一方面，采收时每割一个菠萝，割刀应先在消毒液中浸一下，同时，采后用特克多1000ppm浸果5分钟，对该病防治良好；或将果柄切面浸渍含10%苯甲酸的酒精或农药抑霉唑也可。
　　菠萝黑心病因：菠萝是一种对低温敏感的热带水果，一般低于6℃便会发生冷害，其中黑心病是菠萝贮藏过程中的最普遍发生的生理性病害，其主要就是由于果实在生长及贮运过程中遇低温所致。菠萝黑心病症状，发病果果实外部无感病症状，但剖开后，紧靠中轴的果肉变褐，故又称内部褐变病。病斑初期呈半透明状的小水泡，以后颜色变暗，范围扩大，变干变黑。发病严重时，甚至可使离果皮10mm以内的全部果肉褐果心损坏变黑。秋冬季菠萝果实在田间受到低温影响，可诱导该病发生，而夏收菠萝相对较小发生。同时，发病果实不能完全后熟，果皮颜色变黑变暗，风味差，冠芽萎焉或容易脱落
　　菠萝褐腐病：褐腐病过去主要在国外发生，近年来国内如广州的卡因菠萝栽培上也发现此病，一般发病率在1%－2%以下，但个别产地高达13%。该病主要危害成熟果，被侵染果实小果外观与好果无异，但剖视，被害小果变褐色或有黑斑，通常感病组织分散，不集中在果轴及其附近，后期变干变硬，也不易扩展，对此病的防治关键要注意防止机械损伤。