一般推荐的圆环病毒疫苗首免日龄在2-3周，免疫后3周产生保护效果，可避免6周龄后母源抗体降低时的感染风险。6周龄抗体水平整齐，离散度低，说明圆环疫苗免疫效果良好。6周龄过后如果不免疫，就容易出现野毒感染，野毒感染往往出现在2-3周后会表现出临床症状，所以仔猪多在8周龄后出现猪断奶后多系统衰竭综合征、皮肾炎综合征等圆环病毒相关的疾病。
    圆环病毒病不是一种疾病，而应被看做是和圆环病毒2型相关的一类综合疾病，包括猪断奶后多系统衰竭综合征(PMWS)、皮炎肾病综合(PDNS)、猪呼吸道疾病综合征(PRDC)、繁殖障碍、先天性震颤、肠炎等。
    在高温高湿环境条件下，每年4-5月份母猪产下的仔猪平均有10-20%会出现渗出性皮炎等皮肤类疫病，做病原检测时往往能检测到葡萄球菌，用抗葡萄球菌药物处理有一定效果，但其实注射圆环疫苗会明显减少发病率。此外，在这段时期，保育舍内出现淋巴结肿大、呼吸道疾病、副猪嗜血杆菌、链球菌、胸膜炎等症状的比率都很高，抽检会发现圆环病毒核酸水平很高。如果存在圆环病毒导致的免疫抑制，用抗生素治疗时，药物吸收会很缓慢，即使吸收后痊愈的猪生长也很缓慢。
    “免疫圆环后，猪比原来好养很多。” 绵阳师范学院副院长陈希文介绍说，通过免疫圆环疫苗，猪的日增重、均匀度都有非常明显的提升。由于圆环免疫效果良好，有效减少了育成期抗生素的使用。“原因是猪感染圆环病毒后，对霉菌毒素的敏感性会大大增加。”陈希文认为，保证圆环疫苗效果的前提是，疫苗抗原含量足够高。
    浙江大学动物预防医学研究所、农业部动物病毒学重点实验临床技术中心负责人刑刚认为，临床检测圆环疫苗抗原含量，发现在仔猪出生后56天(第8周)，监测到的抗体水平和疫苗抗原含量刚好线性相关，母源抗体在仔猪产后1周左右达到峰值，6周开始降到保护线以下，分析7-8周龄抗体水平可以避免母源抗体的干扰，抗原含量高的疫苗，在7-8周(约56天)时体内抗体水平也最高。
    单纯从产品方面评价圆环疫苗，除抗原含量外，应激小是另一指标。圆环疫苗之所以存在副反应，是因为现有生产工艺在获得PCV2抗原的同时，不可避免地伴生了大量异源的与圆环病毒免疫无关物质(占比99%以上)。而高度纯化的圆环病毒疫苗大幅去除非抗原蛋白，使抗体效价显著提升，抗体高峰期提前，其数据差异表现为：。排除杂蛋白的干扰。非纯化疫苗约含有1000-4000μg/ml的非抗原蛋白(杂蛋白)，纯化疫苗仅含100-300μg/ml的抗原蛋白。